1993年6月，商丘地區農經貿公司（公司前身）在三商之源的商丘成立。

1997年8月，公司更名為商丘市大京九種子公司。

2001年5月，“大京九”商標獲國家工商總局注冊，邁出了公司品牌經營的第一步。

2001年3月，公司注冊資本500萬元，獲得省農業廳頒發的種子經營許可證。

2005年1月，首屆中原農民信得過農資品牌委員會授予河南省大京九種業有限公司為“中原農民信得過十大農資品牌”。

2005年6月，河南省大京九種業有限公司被河南省農業廳、河南農業編輯部授予：“誠信經營種業單位”。

2006年3月，河南省大京九種業有限公司被河南省商丘市農業局授予“種子經營誠信企業”稱號。

2006年5月，河南省大京九種業有限公司被中國企業信用評價中心、中國市場監測中心評為“中國商業行業全國守信單位”。

2006年6月，河南省大京九種業有限公司被河南省種子協會評為“河南省誠信種子企業”。

2006年6月，河南省大京九種業有限公司董事長被評為“中國誠信優秀企業家”。

2006年9月，“大京九牌農單5號”經中國（合肥）夏季種子交易會農作物優良品種評選專家委員會榮獲“2006年農作物優良品種稱號”。

2007年1月，河南省大京九種業有限公司被河南省農業名牌發展委員會、河南省商丘市種子業商會、河南省農業結構調整社會一體化推進辦公室評為“新農村建設種業先進單位”。

2007年7月，河南省大京九種業有限公司被河南省科學技術廳認定為“河南省高新技術企業”。

2007年9月，河南省大京九種業有限公司自主研發的玉米雜交新品種“大京九23”通過內蒙認定。

2008年7月，河南省大京九種業有限公司自主研發的玉米雜交新品種“豫青貯23”通過國家審定。

2008年12月，河南省大京九種業有限公司被商標河南省工商局評為“河南省著名商標”。

2009年 6月，河南省大京九種業有限公司成為河南省種業商會常務理事單位。

2009后9月，公司辦公地址由商丘市南京路種子市場東區甲1號遷到商丘市北海東路68號，辦公條件大為改觀。

2009年11月，河南省大京九種業有限公司再次被評為“河南省高新技術企業”。

2010年8月，公司企業技術中心被認定為“省級企業技術中心”。

2010年12月，河南省大京九種業有限公司再次獲評“農業產業化市級重點龍頭企業”。

2011年5月，河南省大京九種業公司成為河南省種業商會副會長單位。

2011年6月，河南省大京九種業有限公司成為中國種子協會會員。

2011年7月25日，河南省大京九種業有限公司育繁推一體化種子經營許可證獲農業部批準。

2011年，公司與北京農學院簽訂戰略合作協議，確定科企合作伙伴關系，并獲得北農青貯208種子經營權；

2011年，公司科研中心被河南省科技廳認定為“河南省工程技術研究中心”。

2011年10月21日，河南省大京九種業有限公司被選為中國種子協會理事單位。

2011年10月公司獲河南省農業廳良種推廣先進企業榮譽稱號。

2011年12月，公司再次被評為“河南省著名商標”。

2012年2月，公司被河南省政府評為河南省糧食生產優秀種子企業。

2012年5月，公司自育品種大京九6號通過審定。

2012年，公司被河南省人民政府評為“糧食生產優秀種子企業”，被河南省科學院等五部門認定為“十佳科技型最具信賴品牌企業”。

2012年10月24日，公司被中國種子協會評為企業信用評價AAA級信用企業。

2013年，公司被河南省種子協會再次認定為河南省誠信種子企業；公司自育品種豫青貯23獲商丘市科學技術進步一等獎。

2014年，北京公司更名為北京大京九農業開發有限公司，進入國家綠色通道體系，建立綠色通道聯盟。

2015年1月，北京大京九農業開發有限公司獲得農業部頒發的1億元育繁推一體化農作物種子經營許可證。

2015年，中國種子貿易協會副理事長兼秘書長、原中種集團總農藝師劉杭加盟大京九，任大京九首席專家。

2015年6月，“大京九及圖”商標被國家工商總局認定為中國馳名商標。

2015年9月，公司“青貯玉米育種體系的構建及新品種選育及推廣”成果榮獲中華農業科技二等獎。

2015年11月，北京大京九農業開發有限公司被中國種子協會評為企業信用評價AAA級信用企業。

2015年12月，中國種子協會青貯玉米分會成立，北京大京九農業開發有限公司當選為會長單位，丁光省董事長當選為分會會長。

2016年2年，公司自育青貯品種大京九26通過內蒙審定。

2016年5月，公司自育品種大京九6號被商丘市人民政府評為科學技術進步一等獎。

2017年6月，公司自育品種大京九26通過國家審定，適宜區域包括北方12省、區。

2017年6月，公司自育品種大京九6號通過審定，并通過山西、山東、河北、安徽省份引種備案。

2017年11月，北京大京九農業開發有限公司當選為中國種子協會第六屆常務理事單位。

2018年6月，公司自育品種大京九26通過黃淮海夏播區國審初審。